L’idée du jeu multi joueurs en ligne nous rappelle de jeux tels que "World of Warcraft" et "Ultime". L'Institut Médical Howard Hughes (HHMI) de l'Université de Washington introduit la création de protéines avec "Foldit", un jeu gratuit où des joueurs du monde entier dessinent les protéines.

Le bénéfice réel: les scientifiques essayeront les protéines dessinées par les joueurs pour vérifier s’il s’agit de composés qui pourraient être utils pour de nouveaux médicaments. De cette façon, tout le monde peut aider la recherche pour des maladies comme l’HIV, le cancer ou l'Alzheimer.

Le développement du jeu en ligne est une extension naturelle de la recherche du scientifique David Baker pour comprendre les protéines. Dans la dernière décade, Baker et ses collègues ont réalisé des progrès importants pour le développement des algorithmes informatiques pour prédire comment une chaîne linéaire d’acides aminés se doublera donnant la forme caractéristique d’une protéine déterminée. Comprendre la structure d’une protéine peut donner aux scientifiques des informations pour découvrir la complexité de leur fonction biologique et leur donner de nouvelles idées pour de nouveaux médicaments.

Comment est-il né le jeu des protéines?

Prédire les formes des protéines naturelles est un défi de la biologie contemporaine. Même le modèle d’une protéine petite demande de milliards de calcules. Dans les derniers trois ans, près de 200.000 bénévoles du monde entier ont dédié leur temps pour réaliser ces calcules sur un réseau appelé Rosetta. La logique derrière ce réseau est un algorithme qui utilise la technique Monte Carlo pour trouver le meilleur "alignement" pour chaque partie d’une protéine déterminée.

Les bénévoles de Rosetta observaient leurs ordinateurs essayant de trouver une solution avec plusieurs combinaisons possibles pour obtenir le meilleur alignement. On pensait qu’un aide humain pouvait accélérer les choses.

Baker ne savait pas comment y arriver. Tandis qu’il faisait du sentierisme sur le mont Rainier avec son voisin David Salesin de l'Université de Washington, scientifique informatique qui a un laboratoire de recherche chez Adobe Systems, une idée géniale lui parvint. Baker et Salesin commencèrent à discuter sur la façon dont Rosetta pouvait devenir interactive. Salesin pensa que le jeu multi joueurs était un bon chemin à suivre. Salesin envoya à Baker les noms de trois collègues, comme le scientifique informatique de l'UW Zoran Popovic pour aider Baker dans la création du jeu.

Dans les mois suivants, l’étudiant de Doctorat Seth Cooper, Adrien et le chercheur Treuille, en collaboration avec Popovic et Baker créèrent le programme et l’équipe l’essaya sur petite échelle. Un jeu entre l'Université de la Californie et de l'Illinois fut un succès. "Les participant furent 30 ou 40" affirme Baker. "La compétence fut forte."

"Foldit" mène les joueurs à travers une série de niveaux de pratique dessinés pour leur apprendre les bases du pliage des protéines, avant de les laisser libres avec des vraies protéines naturelles. "Notre but est de nous assurer que quelconque puisse le faire, même sans connaître la biochimie et le pliage des protéines" a dit Popovic.

Objectifs du jeu des protéines

Baker espère que le jeu accélère la prédiction, parfois ennuyante, de la structure. Les nouvelles protéines pourraient être utiles pour des produits pharmaceutiques ou chimiques. Une personne avec un simple ordinateur et une connexion internet peut commencer la construction des protéines. Baker pense que le rythme de découverte pourrait augmenter beaucoup. "Mon rêve est qu’un enfant indonésien de 12 ans soit un prodige et formule un traitement contre l'VIH".

Télécharge le jeu des protéines

On peut télécharger le jeu du site www.fold.it disponible pour Windows, Mac et Linux.

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