La recherche sur le génome nous donne toujours plus de données, comme par exemple sur la séquence des protéines.

Scientifiques, informatiques, biophysiciens et biochimistes du monde entier ont développé des technologies avancées pour obtenir plus rapidement et avec plus de précision la structure tridimensionnelle des protéines en partant de ces données.

Prédire la structure des protéines pour en déterminer les fonctions

Dans une compétition appelée "Les jeux olympiques de prédiction de la structure des protéines", deux équipes de scientifiques de l’Université du Missouri se sont classés parmi les meilleures au monde.

Leurs nouveaux serveurs de prédiction de la structure des protéines sont plus rapides et exactes et ils ont aidé les scientifiques à mieux déterminer les fonctions des protéines dans les cellules.

Les protéines ont plusieurs fonctions. Il y en a qui aident à maintenir les cheveux forts et flexibles, d’autres aident au processus de digestion ou contribuent dans d’autres activités vitales.

La fonction d’une protéine est déterminée par sa forme tridimensionnelle compacte dicté par une séquence unique d’acides aminés codifiés dans le génome. Si une protéine se déforme ou se déplace, elle arrête de fonctionner normalement. Chez les humains, l'accumulation de protéines misfolded est liée à une série de maladies, comme Parkinson, le cancer et le diabète.

"Étant donnée l’importance de la structure de la protéine dans tous les processus biologiques, prédire exactement la structure d’une protéine à partir d’une séquence de données est un des problèmes les plus difficiles de la biologie d’aujourd’hui" a affirmé Jianlin Cheng, professeur de Sciences de la Computation dans la Faculté d’Ingénierie de l’Université du Missouri.

Modèles de protéines

Cela représente un problème qu’on peut résoudre avec les simulations faites dans des serveurs informatiques. Aujourd’hui, les groupes de recherche du monde entier doivent décider qui peut développer le meilleur des serveurs.

L’évaluation critique des techniques de prédiction de la structure des protéines est une compétition sur le dessin du modèle des protéines pour vérifier la méthode qui s’approche le plus aux structures des protéines dans le laboratoire. Le but est de proportionner une preuve de précision dans le calcul des méthodes actuelles de prédiction de la structure de la protéine.

Actuellement on fait des recherches basées sur un jeu de protéines. C’est un jeu en ligne multijoueur où les participants font des tests de folding des protéines pour découvrir de nouvelles fonctions.

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